Про походження японського шпіца існує кілька теорій. У стандарті коротко розглядається історія виникнення, і наступний історичний опис в основному обмежується однією версією.

Припускають, що японський шпіц походить від німецького білого великого шпіца, і що після 1920 року через Сибір і Північносхідний Китай він потрапив у Японію. У наступний час до 1936 року білі шпіци ввозилися з Канади, США, Австралії й Китаю, і їхні нащадки схрещувалися між собою, щоб поліпшити породу.

Так, деякі шпіци через Китай потрапили в японські розплідники шпіців, і так само туди потрапив американський ескімоський шпіц. Навіть якщо маленький японський шпіц "посміхається, як самоїд", він не є родичем самоїда.

В 1948 році японським клубом собаківників був складений єдиний стандарт, що у переробленому вигляді існує з 1987 року. Перший зареєстрований японський шпіц по кличці Хакуріо народився в серпні 1947 року.

Порода ця була особливо улюблена в 50-і роки, і розведення цієї породи було успішним, у рік реєструвалося майже 4500 щенят. Однак з економічним і промисловим підйомом у наступні десятиліття японський шпіц втратив свою привабливість, він більше не використовувався як охоронець майна, а в великих містах не було для нього місця.

У розведенні породи спостерігався великий спад, і в 70-і роки було зареєстровано менше 500 щенят. Тільки коли японський шпіц був "знову відкритий" як домашній собака і як супутник свого господаря, чисельність породи могла знову відновитися, і сьогодні вона є улюбленою породою.
В 1994 й 1995 роках японським клубом собаківників відповідно зареєстровано 1784 й 2059 щенят. На своїй батьківщині японського шпіца (ніхон супітцу) опікує японський клуб собаківників й Асоціація японських шпіців, заснована в 1959 році.

Хоча шпіц і є однією з найстарших порід собак, однак, їй важко було домогтися визнання. У той час, як у Німеччині білий середній шпіц не був визнаний самостійною породою аж до 70-х років, японці заповнили цей пробіл розведенням японського шпіца.